這個狀況對於企業新併購廠辦時更為明顯，因為被併購方的廠辦通常使用截然不同的門禁系統，無論是員工工號、卡號編碼，甚至是感應卡頻率、加密方式等等都不會一樣，這更讓傳統的門禁系統想要進行異質整合難如登天。
門禁系統整合的困境
先讓我們看看過去的解決方式以及各自有什麼缺點：
1. 併購新廠時，若新廠採用完全不同品牌、格式的門禁系統，乾脆就全部拆光並重新購置與本廠一樣的設備品牌。這樣做不會有任何技術困難，只是很燒錢，舊有設備的利用率完全等於零。
2. 使用兩套不同的門禁系統各自為政。這樣做雖可保有原本的設備投資，但卻痛苦到人事薪資單位與員工。因為人事單位會需要額外的精力進行不同工號、卡號的管理，發卡程序變成需要兩套，而且員工也很有可能需要帶兩張不同的門禁卡，到不同的廠辦時還需要記得該刷哪張卡好。
若企業能忍受以上問題也罷，但當員工與設備數量一多，就成為相當大的管理困境，而且很容易因為兩套或多套門禁系統的設定方式不一致，造成人員通行規則不一致或是造成安全漏洞，這些都不是一個中大型企業應該要面對的問題。
當然以上問題未必沒有解決方式，在除了花錢全面換新之外，有些方式也可以讓企業主不要花太多錢，既能兼顧舊有門禁設施的投資，也能順利整合企業內部的多種門禁系統。
就異質門禁系統的整合而言，可以分為門禁系統硬體面以及卡號、通訊協定、人事薪資軟體面的兩種方面整合工作，茲分別討論如下。
門禁系統硬體面整合
1. 首先，必須先確認兩種或多種門禁系統的通訊方式，這是一切的基礎，能建立通訊才有可能實現管理面的整合。一般門禁機不外乎使用傳統RS-232/485連線，或是近十年較為流行的 TCP/IP 連線。這個部分通常問題不大，而現代的整合方式幾乎都是統一轉換為使用TCP/IP 連線方式，以便電腦化處理與建立遠端連線可控性。這只要使用一個序列連線轉TCP/IP的轉換器就能達成，而且其中很多機種都提供了傳統序列埠的虛擬埠模擬軟體，可讓舊有的門禁系統在不變更任何軟體的方式下就能順利過渡到TCP/IP網路連線的作業方式。
PIC1 常見的RS232/485序列連線轉換為TCP/IP網路連線的轉換器，能將傳統門禁機連上網際網路實現廠區內或跨廠區連線。
2. 感應卡。這部分比較麻煩，由於各家門禁系統沒有所謂統一規格，且早期門禁系統因為記憶體硬體昂貴，大多會用較節省記憶空間的方式對感應卡卡號進行抽樣轉碼，加上序號的正向、反向讀取等方式，同一張感應卡在不同的門禁機上讀取起來可能是截然不同的號碼。有些門禁機可以變更讀碼方式，就可以在兩種或多種門禁機上選用同一種讀碼方式，進行感應卡號的統一化。
也有部分的門禁機是讀取感應卡的可讀寫資料區，加上密碼驗證取代讀取感應卡的卡片出廠序號。對這種門禁機來說可能有機會能整合，即利用各廠牌門禁機各自讀取卡片上的不同資料區塊以便錯開使用。凡舉TEMIC5557、Mifare S50/S70、Mifare DESFire這類有資料區可使用的感應卡均可這樣利用。但若感應卡本身資料區已經被用滿、原廠商不肯提供卡片密碼、或是兩種門禁機正好使用相同區塊的情況下，這招就沒用了。
當然也有很多種門禁機的讀碼方式是完全不可變更的，或是幾種門禁機的讀碼方式總是湊不在一起。在不考慮對其中一種門禁機進行韌體修改的方式下，只能透過後台軟體進行卡號的統一化了。
PIC2 透過軟體讀取門禁卡的原始卡號，再進行卡號的換算，就可以實現從軟體面整合不同廠牌的門禁機卡號解讀問題。
軟體面整合
1. 卡號部分整合：若由後台軟體來解是最完美的解法。無論各廠牌門禁機讀取的是感應卡的序號或是資料區內容，採用能整合多廠牌系統的軟體都可以使用以一對多的方式讀取同一張感應卡的資料，並且透過軟體演算規則轉換為不同門禁機的編碼規則。對使用者來說在不須變更卡片或持有多張卡片的情況下，由後台軟體實現卡號的整合。
2. 通訊協定整合：由於各家門禁機的通訊協定一定不同，甚至有些門禁機廠商將通訊協定視為機密，因此絕無可能透過A廠商的門禁管理軟體對B廠商的門禁機進行發卡、刪卡、資料收集等管理工作。這部分唯一的方法是尋求門禁整合廠商採用專為此目的撰寫的第三方軟體，同時對多種廠牌的門禁機進行管理工作。
3. 人事薪資軟體整合：承上，不同門禁機對同樣卡片所解讀出來的卡號完全不同，這對人事薪資系統是相當大的困擾。由於大部分的人事薪資系統都是採取一人一卡的設計方式，因此會變成薪資系統將不同卡號當作兩個不同的人看待。
解決方式第一種是由人事薪資系統下手，將系統修改為能夠接受一個人多張卡號。另一種方式則是同上項的解法，直接採用能統合管理不同門禁機廠牌的第三方管理軟體，並且由該軟體產生統一的卡號給人事薪資系統，這樣來說可以不動到人事薪資軟體，也可盡量避免門禁系統轉換期間的痛苦。
企業在成長的過程中，若沒有辦法讓門禁系統跟著成長，很容易成為成長過程中的絆腳石。在高度電腦化的現代，採用第三方軟體進行各種廠牌門禁系統的整合已非難事。一些專業軟體廠商也能直接引用門禁系統所取得的刷卡資料，進行各類薪資、餐飲費用、出勤考勤的計算與報表產出，可有效節省此類人事資料處理所需的時間，提升企業業務執行效率。
此類軟體通常都能接受客製化訂作，針對不同的企業需求開發不同的功能。惟先前導入較需花費時間，若有此類轉換需求宜事先預留足夠轉換時間。